スライドパッドか十字ボタンの左右で「ぷよ」を移動、下で落下、Aボタン、Bボタンでぷよを左右に回転させながら、同じ色の“ぷよ”を上下左右に４つ以上そろえて消していきます。連鎖をつくってたくさんぷよを消すと、相手側に「おじゃまぷよ」を降らせることができます。相手から送られてきたおじゃまぷよを打ち消す「相殺（そうさい）」や通常回転できないところで切り替える「クイックターン」、「固ぷよ」などのルールがあります。

おなじみのゲームが楽しめる「アーケード」モードのほか、「かちぬき」モードを収録。全ての敵と対戦し、塔の頂上をめざします。また、「ローカルプレイ」モードでは、本体とソフトをそれぞれ2つずつ用意することで、ワイヤレスで2人対戦の「ふたりでぷよぷよ」モードを楽しむことが可能です。

「途中セーブ」機能で、プレイ中いつでもセーブが可能です。セーブデータは「途中ロード」を選ぶことで何度でも同じところから再開することができます。また、「リプレイ」機能により、ゲームのリプレイデータをひとつだけセーブすることができますので、自分のプレイを後でゆっくりと鑑賞することも可能です。