イルカのエコーを操作し、各ステージの出口を目指します。「迷子になった仲間のイルカたちを救助する」「クジラと会話する」など、各ステージにはさまざまなイベントがあり、それを進めていくことで物語が進んで行きます。 エコーは、ボタン連打で高速で泳いだり、仲間と会話したり迷路を探索できる歌（音波）を出したり、ダッシュアタックで邪魔者を攻撃したりすることができます。 ステージ途中にあるクリスタルはステージクリアのヒントを教えてくれたりします。通路をふさいでいるゲートクリスタルは別の場所にあるキークリスタルに触れて得られる歌を使うことで取り除くことができます。

「途中セーブ」機能で、プレイ中いつでもセーブが可能です。セーブデータは「途中ロード」を選ぶことで何度でも同じところから再開することができます。新機能「スーパードルフィン」モードをONにすると、エコーは光につつまれた状態となり、息継ぎをせずにいつまでも海中を進む事ができるようになります。さらにダメージを受けなくなり、敵は触れるだけで倒せるので、謎解きや移動に集中してプレイできます。