セガを代表する忍者アクションであり、シリーズ屈指の名作が3D化されて復活! 現代に生きる忍、ジョー・ムサシは、復活した悪の組織NEO ZEEDを壊滅するため旅立つ! 鎧武者が待ち受ける洞窟、上にせり上がる基地エレベーター、野原を走る乗馬シーンなど、多彩なステージのすべてを立体視対応したほか、「ラウンドセレクト」機能を追加し、誰でもすべての面をすぐにお楽しみいただけます。また、上級者向けに、より高度なアクションが楽しめ、瞬間的な防御も可能になった「ダイレクト操作」モードを追加しました。
伝説の忍ジョー・ムサシを操作し、NEO ZEEDの刺客たちと戦いながら進みます。手裏剣、空中からのキック、忍者刀によるダッシュ斬りなどさまざまな攻撃と、壁を蹴って上へと進む三角跳び、ぶら下がりといった移動アクションが可能。画面全体を攻撃する「火龍の術」や防御用の「雷の術」など4種類の忍術が使えるのは、基本的に1ラウンドで1度。どの忍術をどのタイミングで使うのかが重要です。
「途中セーブ」機能で、プレイ中いつでもセーブが可能です。セーブデータは「途中ロード」を選ぶことで何度でも同じところから再開することができます。また「ラウンドセレクト」をONにすると、最終面を含めたすべての面を自由に選べます。苦手な面の練習や3D立体視の面白いシーンを何度もプレイできます。
スライドパッド、十字ボタンのどちらでも操作が可能です。
日本バージョンのほかに、海外バージョン『Shinobi Ⅲ』もプレイできます。海外バージョンはメッセージが英語になっている以外、基本的な内容は同じです。
通常は「ジャンプ・攻撃・忍術」の3ボタン操作のゲームですが、ダイレクト操作では「ジャンプ・近接攻撃・手裏剣攻撃・防御・忍術」の5ボタンの操作となります。「防御」動作は、ガードアクションにより敵の手裏剣などの攻撃を防ぐことができます。
3D立体視を最大限に活用した「ノーマル」のほかに、ブラウン管テレビでの表示を擬似再現した「クラシック」を選択できます。「クラシック」では画面の表面が丸みを帯び、発色なども”にじみ”を持たせた表示画面になります。
画面の中に世界を感じる「奥行き重視」と、飛び出した表現になる「ズーム重視」から選択します。
ゲーム音のボリューム設定のほか、オリジナル版が発売されていたメガドライブの内蔵音源、FM音源とPSG音源の発声バランスを再現した「バランスサンプル」では、初代メガドライブとメガドライブ2のバランスの2種類から選択できます。